上文中我們已經知道食品中有真菌毒素會有不同的致毒性， 為了要抓出真菌毒素，必須要靠食品檢驗的方法來測定出食品中是否有被毒素汙染、含量是多少及是否有超過法規的規範，檢驗方法主要是分為前處理及檢驗分析兩大部分，以下就分這兩大部分作介紹。
測定真菌毒素在前處理時有三大步驟，分別是均質、萃取及淨化三大步驟。
當收到食品檢體時，第一步就是先進行均質，均質就是用適當的機器將樣品磨成粉狀，一般是用均質機或是粉碎機，主要目的是要將樣品混和均勻，以利後續實驗。
接著進行萃取，萃取就是取適當量的樣品加入適合的有機溶液，再用震盪機進行震盪，經由機器震盪搖晃的方式將樣品和有機溶液高速混合，藉此將我們想要的毒素從食品溶到有機溶液中，也就是萃取液，就可再進行下一步驟。
最後的步驟是淨化，將萃取液以適當的比例通過免疫親和管柱以達到去除雜質的作用，免疫親和管柱內填充的物質為與毒素具有專一性的抗體，而不同的免疫親和管柱則對不同的毒素具有專一性，當萃取液通過管柱以後，毒素就會藉由抗體抗原相結合的原理與管柱內的抗體相結合而被抓住，其他物質則直接流出管柱以達到淨化雜質的效果，最後再用甲醇沖提管柱以釋放毒素，就可以將毒素收集起來，也就是檢液，後續以儀器檢驗分析。
